ประภัทรพงศ์ ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดจันทบุรี 1 สมัย ในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2518 สังกัดพรรคไท และได้รับแต่งตั้งเป็นเลขาธิการพรรคไท แทนสมบัติ ธำรงธัญวงศ์[3] และเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการคลัง ในรัฐบาลหม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์ ปราโมช ในการปรับคณะรัฐมนตรี เมื่อปี พ.ศ. 2519[4]

ต่อมาเขาได้วางมือทางการเมือง และหันไปทำธุรกิจปลูกทุเรียนพันธุ์กระดุมทอง ในจังหวัดจันทบุรี หลังจากนั้นชื่อของเขาเป็นที่รู้จักอีกครั้งจากกรณีที่เขามีชื่อเป็นประธานกรรมการบริษัท เคที จำกัด ที่ได้รับการต่อสัญญาการเดินรถไฟฟ้าบีทีเอสจากกรุงเทพมหานคร[5] ในยุคของหม่อมราชวงศ์สุขุมพันธ์ บริพัตร เป็นผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร